一、創會

為回應原住民社會之需求，並順應世界之潮流，行政院於85年間，即籌備成立中央部會級機關，以專責辦理原住民事務，並於籌備期間研訂機關組織條例草案，用為機關成立之法源依據。同年11月1日，立法院審議通過「行政院原住民委員會組織條例」，行政院並於同年12月10日即正式成立「行政院原住民委員會」，專責統籌規劃原住民事務，成就了我國民族政策史上新的里程碑，對於原住民政策的釐訂及推展，亦更具一致性與前瞻性，並能發揮整體規劃的功能，帶動原住民跨越新世紀全方位的發展。

二、精省

為因應台灣省政府功能業務與組織調整，原台灣省政府原住民事務委員會經裁撤，自88年7月1日起歸併本會，並於中興新村設置中部辦公室；前台灣省政府原住民事務委員會所屬文化園區管理處亦同時改隸本會。91年1月4日，立法院審議通過本會組織條例部分條文修正案，本會機關名稱並於同年3月25日正式更改為「行政院原住民族委員會」，社會福利處更改為「衛生福利處」、經濟暨土地發展處調整變更為「經濟及公共建設處」與「土地管理處」二處。

三、組改

為配合行政院組織法修正，本會改名為「原住民族委員會」，企劃處更改為「綜合規劃處」，衛生福利處更改為「社會福利處」，經濟及公共建設處調整變更為「經濟發展處」及「公共建設處」二處，另增設政風室，合計為6業務單位、4輔助單位、1任務編組。